История церкви Святого Павла и Святого Людовика начинается в XVI веке когда кардинал Карл де Бурбон, дядя Генриха IV, приобретает для французского ордена иезуитов находящийся здесь участок земли с условием, что иезуиты возведут на этом месте часовню, посвященную предку Карла де Бурбона — Святому Людовику.
В 1595 году иезуиты были изгнаны из Франции, но через девять лет им было разрешено вернуться. В 1627 году было начато строительство новой церкви, первый камень которой заложил король Людовик XIII. Первую мессу в новой церкви названной в честь Святого Людовика отслужил кардинал Ришелье в присуствии короля, двора и эвеков.
Известными прихожанами церкви Святого Павла и Святого Людовика были жившие неподалеку писатель Виктор Гюго и знаменитая придворная дама Мадам де Севинье. Большие раковины, предназначенные для святой воды, расположенные справа и слева от основного входа, — подарок Виктора Гюго церкви, в которой проходило венчание одной из его дочерей.