Примыкающий к развалинам Терм дворец КЛЮНИ (Cluny) построен в конце XV в. на галло-римских развалинах и был предназначен для приезжающих в Париж аббатов и для колледжа, основанного близ Сорбонны. В конце XV в. дворец Клюни перестраивается.
В этом виде он сохранился до наших дней. В XVII в. дворец Клюни становится резиденцией дипломатических представителей Папы Римского, в числе которых оказался будущий некоронованный правитель Франции — кардинал Мазарини. В Революцию дворец был объявлен государственной собственностью и продан. В 1833 г. во дворце Клюни поселяется Александр Де Соммерар и размещает в нем свою богатейшую коллекцию раритетов.
После его смерти в 1842 г. коллекцию, дворец, а также прилегающие к нему Термы покупает государство и правительственным декретом создает музей «Термы и Отель Клюни». Его официальное открытие состоялось в 1844 г. К концу XIX в. коллекция музея составляла 10 тысяч экспонатов. Современная коллекция содержит предметы декоративного искусства V-XVI вв. В 1977 г. часть коллекции, относящаяся к XV-XVI вв., была переведена в Музей эпохи Возрождения (Musee de la Renaissance), расположенный в замке Экуан.