Музей Нотр-Дам является одним из самых ярких зданий Страсбурга – готическая постройка сочетает в себе элементы поздней готики и ренессанса.
Изначально это здание не было никаким музеем, оно выполняло функции хранилища церковных документов Страсбурга. Называлась постройка Фондом Девы Марии, первые упоминания о нём относят к XIII веку, когда была завершена основная часть постройки. В задачи фонда входило сохранение чертежей Страсбургского Собора, а также множества других церквей города. Кроме этого в Фонде находились макеты внутреннего убранства, некоторые из которых сохранились до наших дней.
Конец XVIII века, принесший Великую революцию, сменил профиль этого здания. Здесь теперь подпольно хранились спасённые статуи с Собора, которые было приказано сбросить, а также множество других архитектурных элементов. Официально же якобинцы открыли здесь музей старинных скульптур и гобеленов, конфискованных у церквей, аббатств и домов священников. Кроме этого здесь разместили коллекцию ценной средневековой посуды.
К XIX веку в Страсбурге было создано общество по охране исторических памятников, и в музей стали свозиться чудом уцелевшие витражи, алтари и целые части поруганных за революционные и военные потрясения храмов.
К сегодняшнему дню коллекция была расширена многочисленными пожертвованиями представителей знатных родов Эльзаса в виде скульптур и некоторых картин, приобретённых музеем из частных коллекций по всему миру.